1868（明治元）年1月、薩摩・長州両藩兵を中心とする新政府軍と、旧幕臣や会津・桑名藩兵を中心とする旧幕府軍との間に、京都近くで武力衝突が起こった（鳥羽・伏見の戦い）。これに勝利した新政府軍は、徳川慶喜を朝敵として追討し、江戸へ軍を進めた。新政府軍を代表する西郷隆盛と旧幕府側を代表する勝海舟との交渉により、同年4月、江戸は戦火を交えることなく新政府軍により占領された。一部の旧幕臣や会津藩はなおも抵抗し、東北諸藩も奥羽越列藩同盟を結成して会津藩を助けたが、次々に新政府軍に敗れ、同年9月、激しい戦闘の末、会津藩も降伏した。
翌1869年5月には、旧幕府の海軍を率いて箱館を占領していた榎本武揚（たけあき）らが、五稜郭の戦いに敗れて降伏し、ここに戊辰戦争と呼ばれる一連の戦いは終わり、国内は新政府のもとに統一された。
新政府は封建支配体制を解体し、天皇を中心とした中央集権的国家体制を築くことを基本方針とした。
1868（明治元）年3月に五箇条の御誓文が定められ、公議輿論の尊重や開国和親などの政治理念が宣言された。一般庶民に対しては五榜の掲示が掲げられ、政体書が発布されて官制が整えられた（御一新：ごいっしん）。
1869（明治2）年、政府は諸大名に命じて領地と領民を天皇に返上させた（版籍奉還）。しかし、藩主はそのまま知藩事（地方官）に任命されて藩政に当たったため、中央集権の実効はあまりあがらなかった。そのため木戸孝允・大久保利通らの政府実力者たちは、1871（明治4）年に薩長土3藩から御親兵（ごしんぺい）を募って中央の軍事力を固め、次いで一挙に廃藩置県を断行した。全ての藩知事を罷免して東京に住まわせ、政府の任命した府知事・県令を派遣して府県を治めさせることにより全国を政府の直接支配に置いた。同年、解放令が発布され、四民平等政策により身分の別が廃された。
1873（明治6）年、は陸軍卿山県有朋を中心に政府は徴兵令を公布したが、農民の間にはこれに反対する一揆（血税一揆）も起こった。1876（明治9）年には華族・士族に対する家禄支給を停止し、それに代えて金禄公債を支給し、それを年賦で支払うことにし（秩禄処分：ちつろくしょぶん）、これにより大部分の士族が急速に没落していった。
また、政府は田畑永代売買の禁令を解き、地価を定めて地券を発行し、地主・自作農の土地所有権を認め、1873（明治6）年に地租改正条例を公布し、地租を一定率に固定して現金で納付させることにした。
政府は開国和親の方針により諸外国との外交を進め、1871（明治4）年に岩倉具視を大使とする大規模な使節団を欧米諸国に派遣し（岩倉使節団）、不平等条約の改正を目指したが成功しなかった。
朝鮮に対しては、欧米諸国の進出を危惧した政府は開国を強く迫ったが朝鮮はこれに応じなかった。そのため、西郷隆盛・板垣退助らによる征韓論が政府内で有力となったが、1873（明治6）年に欧米視察から帰国した岩倉具視・大久保利通らはこれに強く反対したため、西郷らは政府を退き野に下った。その後、1875（明治8）年に朝鮮沿岸で測量中の日本軍艦が江華島において砲撃を受け（江華島事件）、これをきっかけに日本は朝鮮に圧力をかけ、翌年日本に有利な日朝修好条規（江華条約）を結んで朝鮮を開国させた。
清国に対しては、1871（明治4）年に対等な日清修好条規を結び、1874（明治7）年には琉球島民が台湾で殺害されたことを理由に台湾に出兵し（征台の役）、1879（明治12）年には琉球藩を廃して沖縄県の設置を強行した（琉球処分）。ロシアに対しては、1875（明治8）年に樺太・千島交換条約を結び、樺太をロシア領、千島列島を日本領と定めた。
明治政府の近代化のための変革はあまりに急激で、国情を無視した点も少なくなく、また政府の要職は薩摩・長州など雄藩出身の一部の政治家によって占めれていたことなどから、政府に対する不満も急激に高まっていった。
征韓論に敗れて辞職した板垣退助・後藤象二郎らは1874（明治7）年、民選議院設立の建白書を提出し、立憲政治の確立を主張すると、自由民権運動が広がっていった。政府は1875（明治8）年の大阪会議により、漸次立憲政体樹立の詔を出すことでこれに対応したが、一方では新聞紙条例や讒謗律の制定により、反政府的な言論活動を取り締まった。
1874（明治7）年、江藤新平は郷里の佐賀で不平士族の首領となって反乱を起こした（佐賀の乱）が、政府軍により鎮圧された。1876（明治9）年には熊本で敬神党（神風連）の乱、福岡で秋月の乱、山口で萩の乱と一連の不平士族による反乱が続いた。
1877（明治10）年、政府を辞職後、郷里鹿児島で私学校を指導していた西郷隆盛が4万の士族を率いて政府に対する反乱を起こした（西南戦争）。政府は軍を総動員して全力を上げて反乱の鎮圧に当たり、8ヶ月に渡って九州各地で激戦を重ねた後、ようやく勝利を得た。この戦争のさなかに木戸孝允は病没し、西郷は戦死し、翌年には大久保利通が不平士族に暗殺され、明治維新の最高指導者たちが相次いで世を去った。
民選議院設立を建白した後、板垣退助は郷里の高知に立志社を設立し、自由民権の思想を広めた。1879（明治12）年には府県会が開かれ、地方の有力者が議員に選ばれ、各地に民権派の政治結社（政社）が設立された。1880（明治13）年、全国の民権派代表が大坂に集合して愛国社大会を開き、河野広中・片岡健吉を代表として国会期成同盟を結成し、政府に国会開設を請願した。
一方政府は自らの主導による立憲政治の実現に着手したが、イギリスを模範とする議会中心の政党政治を主張する大隈重信と、ドイツ流の君主の権限が強い憲法の制定を主張する岩倉具視ら対立した。その頃政府は開拓使官有物払い下げ事件により世間の非難を浴びていた。
政府は深まる内部の対立を打開するため、ドイツ流の憲法を作る方針を固め、大隈参議を辞職させ、1881（明治14）年に国会開設の勅諭を出して1890（明治23）年に国会を開くことを約束した（明治十四年の政変）。その結果、伊藤博文を始めとする薩長派中心の政権が確立することになった。
この直後、板垣退助を党首とする自由党が結成され、翌1882（明治15）年には大隈重信を党首とする立憲改進党が発足した。この流れの中で、1870年代末から1880年代初めにかけて、民間人や政府関係者らが自らの憲法案を起草し始めた（私擬憲法）。政府は自由民権運動を厳しく取り締まる一方、民権派の活動家を官吏に取り立てるなどして民権運動の切り崩しを図った。民権派内部でも次第に内部対立が目立ち始め、一部の急進派は直接行動に出るようになった。1882（明治15）年に福島県で道路造成事業に反対する農民や自由党員らが検挙された福島事件を始め、加波山事件、秩父事件など東日本各地で自由党員らによる暴発事件が続発した。これらの事件の影響で統制力を失った自由党は解散し、立憲改進党もほとんど活動を停止したため、自由民権運動は一時衰退することになった。その後民権派は政府に対抗する政党を作るために大同団結運動を起こし、1887（明治20）年の条約改正問題を機会に対等条約の実現、地租軽減、言論・集会の自由を求めて政府に迫ったが、政府は保安条例を発して多くの運動家を東京から追放した。
明治十四年の政変を通じてドイツ流の君主権の強い憲法制定を目指した政府は、1882（明治15）年、憲法調査のために伊藤博文らをヨーロッパに派遣した。帰国後、伊藤らは1884（明治17）年に華族令を制定し、貴族院を作るための制度を整えた。次いで1885（明治18）年、これまでの太政官制に代えて内閣制度を制定し、政府の強化と能率化を図り、伊藤が初代内閣総理大臣に就任したが、閣僚の大部分が薩長出身者だったため、反対派からは藩閥政府と非難された。
伊藤は井上毅・伊東巳代治・金子堅太郎らとともに、ドイツ人顧問ロエスレルらの助言を得て、憲法の草案作りに取り掛かり、憲法草案は1888（明治21）年に新設された枢密院（伊藤博文議長）で審議された後、1889（明治22）年2月11日に発布された（大日本帝国憲法）。憲法の発布により、天皇中心の国家体制が確立されるとともに、国民の権利と自由が認められ、国政参加の道が開かれた。憲法に続いて民法・商法などの諸法典も作成された。
民権派が議会開設を目指し、大同団結運動によって政府に対抗する政党勢力（民党）の再建を進めたのに対し、政府は超然主義を唱え、不偏不党の立場で政治を行う方針を打ち出した。1890（明治23）年に最初の衆議院議員総選挙が実施され、第一回帝国議会（第一議会）が開かれると、立憲自由党と立憲改進党を主力とする民党が衆議院の過半数を占めた。彼らは内閣と対立したため、第1次松方正義内閣は衆議院を解散し、激しい選挙干渉により民党を抑えようとしたが、こうした強硬策は成功しなかった。その後、1892（明治25）年に成立した第2次伊藤内閣の時に政局の安定化を求めて政府と自由党が次第に歩み寄り、協力して政治を運用するようになった。
明治政府の大きな目標の1つは、幕末以来の欧米諸国との不平等条約を改正し、関税自主権の確立（税権）回復と領事裁判制度の撤廃（法権回復）を実現することであった。
1878（明治11）年、外務卿（後の外相）寺島宗則によるアメリカとの税権回復交渉が失敗すると、後を継いだ井上馨は欧化政策を取り、交渉に当たったが、その改正案には政府内外から強い反対が起こり、1887（明治20）年に井上は辞職した。国別に改正交渉を進めた大隈重信外相は1889（明治22）年にアメリカ・ドイツ・ロシアとの間に新条約を調印したが、大審院における外国人裁判官の任用を巡って反対が起こり、大隈が黒鍵主義者に襲われて負傷したため、交渉は中断され条約は発効しなかった。青木周蔵外相による交渉は1891（明治24）年に起こったロシア皇太子襲撃事件（大津事件）により挫折した。
その後、東アジアにおけるロシアの勢力拡張を警戒したイギリスが日本との条約改正に応じるようになり、1894（明治27）年、外務大臣陸奥宗光は駐英公使青木周蔵に交渉を進めさせ、日英通商航海条約の調印に成功した。1911（明治44）年、外務大臣小村寿太郎は関税自主権の全面回復に成功し、長年の課題であった条約改正をついに実現した。
明治初年、朝鮮を開国させた日本は、朝鮮を属国とみなしていた清国と対立するようになった。1882（明治15）年の壬午軍乱（じんごぐんらん）をきっかけに、朝鮮国内では清国寄りの保守派（事大党）が勢力を強めた。
1884（明治17）年の清仏戦争で清が不利になると、日本と結んで国内改革を進めようとする金玉均らの改革派（独立党）が、日本の支援のもとに漢城（現ソウル）でクーデターを起こしたが、清国軍の出動により失敗した（甲申事変：こうしんじへん）。翌年、日本は伊藤博文を天津（てんしん）に送り、清国全権李鴻章との間に天津条約を結び、日清両国は互いに撤兵し軍事顧問を送らないことなどを定めて武力衝突を回避した。
1894（明治27）年、朝鮮で大規模な農民反乱（甲午農民戦争、東学党の乱）が起こると、清国は朝鮮政府の要請でその鎮圧を理由に出兵した。第2次伊藤内閣はこれに対抗して直ちに朝鮮に軍隊を派遣した。同年7月、ついに日清両軍は衝突し、8月、日本は清国に宣戦布告した（日清戦争）。
政府と政党が協調し、挙国一致で戦争に臨んだ日本に対し、清国は国内での政治的対立が止まずに十分な戦力が発揮できず、戦争は日本の圧倒的勝利のうちに終わり、1895（明治28）年4月、日本全権伊藤博文・陸奥宗光と清国全権李鴻章との間で日清講和条約（下関条約）が結ばれた。この条約により、清国は日本に対し、①朝鮮の独立、②遼東半島・台湾・澎湖諸島の割譲、③賠償金2億両（テール）の支払い、④杭州・蘇州・重慶・沙市の開港を認めた。この結果、日本は海外に植民地を持つことになったが、日本の大陸進出を警戒するロシアは、ドイツ・フランスと共に日本に遼東半島の返還を勧告した（三国干渉）。日本政府はこれにやむなく従ったが、国内ではロシアに対する反感が高まった。
日清戦争後、政府と民党は手を握り、第2次伊藤内閣が清国からの巨額の賠償金を基に軍備拡張・産業振興など積極的な戦後経営に乗り出すと、衆議院第一党の自由党は内閣との提携を宣言した。続いて首相となった松方正義は進歩党（立憲改進党の後身）と結んで第2次松方内閣を組閣した。
しかし、1898（明治31）年に第3次伊藤内閣が地租増徴案を議会に提出すると、自由党と進歩党はこれを否決し、同年、両党は合同して憲政党を結成した。伊藤博文は内閣総辞職に際し、山県有朋ら他の元老たちの反対を押し切って、憲政党の最高指導者であった大隈重信と板垣退助に後継内閣の組閣を託した。こうして大隈重信を首相、板垣退助を内相とする日本初の政党内閣（第1次大隈内閣、隈板内閣）が成立した。内閣発足直後の総選挙でも憲政党は衆議院で約8割の議席を占めたが、藩閥勢力の圧迫や憲政党の内部分裂により、4ヶ月ほどで内閣は崩壊した。
大隈内閣の後を受けた第2次山県内閣は、憲政党（旧自由党系）の協力により地租増徴を実現させ、選挙権を拡張したが、一方で軍部大臣現役武官制を定めるなど、政党の影響力拡大を抑えようとした。
1900（明治33）年、政党結成に意欲を示しだした伊藤博文が自ら総裁となって憲政党を中心に結成した立憲政友会を基礎して、第4次伊藤内閣を組閣した。立憲政友会は西園寺公望（さいおんじきんもち）・星亨（ほしとおる）・原敬（はらたかし）らを幹部とし、その後長く衆議院第一党の地位を占めて日本の代表的政党に発展した。
日清戦争により、「眠れる獅子」と恐れられていた清国が日本に敗れてその弱体ぶりを明らかにすると、欧米列強はこぞって清国に進出し始めた。清国内では列強の侵略に対して内政改革や外国人排斥の動きが起こった。
1900（明治33）年、「扶清滅洋」を唱える義和団を中心とした外国人排斥の暴動が激化し、清国政府もそれに同調した。列強は暴動鎮圧のために共同で清国北部に出兵し、日本もその一員に加わった（義和団事変、北清事変）。翌年、清国政府は列強との間に北京議定書を調印し、巨額の賠償金支払いと列強の軍隊駐留を認めた。
ロシアはこれをきっかけに大軍を派遣して満州を占領し、事変終了後も撤兵せずに朝鮮半島にも影響を強めてきた。1897年、朝鮮は国号を大韓帝国と改めたが、国内では親日派と親ロ派が対立して政争が続いていた。日本国内ではロシアと協調して事態を収めるか、イギリスと結んでロシアと対抗するか、意見が分かれたが、第1次桂太郎内閣は、1902（明治35）年に日英同盟協約を結び、立憲政友会の協力を得てロシアに対抗すべく軍備拡張を進めた。民間においてもロシアへの反感が高まり、多くの有力新聞が対露主戦論を叫んで政府の対露姿勢を弱腰だと糾弾した。日本政府はロシアに対し、満州を日本の利益範囲外とする代わりに、朝鮮に対する日本の軍事的・政治的支配権を認めさせようとしたが、交渉は成立しなかった。
ロシアとの交渉に行き詰まった日本は、1902（明治37）年に開戦に踏み切った（日露戦争）。日本は日英同盟協約を後ろ盾とし、巨額の戦費を賄うためにイギリス・アメリカなどで外債を募集し、国家予算の数年分に相当する約17億円を調達して総力を上げてロシアと戦った。一方ロシアは皇帝の専制政治に対する反対運動の高まりで国内が分裂しており、十分な戦力を発揮することができなかった。
0905（明治38）年1月、日本陸軍は激戦の末、ロシアの海軍基地旅順（りょじゅん）を占領し、3月奉天の戦いで勝利を収めた。同年5月、ヨーロッパから回遊してきたロシアのバルチック艦隊を日本の連合艦隊が日本海海戦で打ち破るなど、戦局は日本に有利に展開した。しかし、経済的にも軍事的にも戦争継続が困難と判断した日本政府は、日本海海戦勝利の直後、アメリカ大統領セオドア・ローズヴェルトに和平の仲介を依頼した。
こうしてアメリカのポーツマスにおいて、日本全権小村寿太郎外相、ロシア全権ヴィッテらが出席して講和会議が始まり、1905（明治38）年9月、日露講和条約（ポーツマス条約）が結ばれた。ロシアは日本に、①韓国における日本の支配権の全面的承認、②旅順・大連の租借権および長春・旅順間の鉄道権益の譲渡、③南樺太の割譲、④沿海州の漁業権などを約束したが、賠償金の支払いは拒絶した。
講和条約の内容は国民の間に不満を呼び、多くの新聞が政府を攻撃して講和条約廃棄・戦争継続を主張して国民を煽り、多数の群衆が政府高官邸・交番・警察署・講和支持派の新聞社などを襲撃する事件が起こった（日比谷焼打事件）。政府は戒厳令を発布し、軍隊を出動して暴動を鎮圧した。
アジア人の新興国家が白人の大国を打ち破った日露戦争は世界に大きな衝撃を与えた。それはアジアの民族運動の高まりに大きな影響を及ぼしたが、一方で日本は列強の植民地政策を真似て、東アジアにおける勢力拡大に腐心するようになった。日露戦争中から戦後にかけて、3次にわたる日韓協約を結んだ日本は、韓国を保護国として統監を置き、韓国の外交・内政・軍事の実権を次々と手に入れた。韓国では、韓国軍の解散に反対する義兵運動を展開するなど、激しく日本に抵抗したが、日本は軍隊を出動してこれを鎮圧した。
1909（明治42）年、前韓国統監伊藤博文がハルビンで韓国の民族運動家に暗殺されると、日本政府は1910（明治43）年に韓国併合を行い（韓国併合条約）、韓国を日本の領土とし、朝鮮総督府を置いて植民地支配を始めた。また、1906（明治39）年には旅順に関東都督府を置くとともに、半官半民の南満州鉄道株式会社（満鉄）を設立し、南満州の経営を進めていった。
その頃、満州の鉄道権益や、10万人に及ぶ日本人移民に対する白人の警戒心などから、それまで協調的関係を保ってきたアメリカとの間に対立が芽生え始め、日露戦争後にはカリフォルニア州などで日本人移民排斥運動が高まった。